中国水利水电科学研究院于20世纪50年代开始研究生教育工作，是国务院学位委员会批准的首批“水利工程”一级学科博士和硕士学位授予单位，中组部指定的水利系统主要承担“西部之光”访问学者的培养单位之一，设有2个一级学科（水利工程和土木工程）博士后流动站，8个博士和硕士学位授予专业，即岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全。
研究生教育发展历程
本院的研究生教育由其下属的研究生院和14个培养单位（即10个非赢利研究所或中心和4个科技企业）共同开展。研究生院统一组织招生、授课和学位授予，课程学习期间由研究生院实行全方位管理；课程结束后跟随导师进入培养单位开展课题研究，直至完成学位论文。本院依托全院资源办学，优良的科研设施设备、大量的前沿课题项目、充足的科研经费、丰富的图书文献资源、一流的导师队伍及广泛的国际合作交流等，为研究生开展学术研究、参与课题实践、锻炼创新能力提供了强大的科技支撑。截止2022年底，本院共有研究生导师313人，其中博士生导师107人（包括中国科学院、中国工程院院士5人,外籍导师1人），硕士生导师206人，累计培养博士、硕士研究生以及博士后2370人，西部之光访问学者96人。
我院研究生的培养模式是结合国家重大水利水电工程项目的需求和战略层面的科技支撑，开展基础理论研究和应用基础研究。经过60年的探索和发展，现已形成比较完整和富有特色的研究生教育体系，培养出的许多研究生已成为本学科研究领域的学术带头人或知名专家，不少已走上各级重要的领导岗位，或在国内外重要学术组织中担任要职，为我院科研事业不断开创新局面提供了重要的人才保障，也为我国水利水电事业的蓬勃发展以及水利科技行业的开拓创新做出了重要贡献。
