中国水利水电科学研究院于20世纪50年代开始研究生教育工作，是国务院学位委员会批准的首批“水利工程”一级学科博士和硕士学位授予单位，中组部指定的水利系统主要承担“西部之光”访问学者的培养单位之一，设有2个一级学科（水利工程和土木工程）博士后流动站，10个学术型硕士学位授予专业，分别为：岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全、环境科学与工程、水土保持与荒漠化防治学。8个学术型博士学位授予专业，分别为：岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全；1个专业型博士学位授予专业为：土木水利。
本院的研究生教育由其下属的研究生院和14个培养单位（即10个非赢利研究所或中心和4个科技企业）共同开展。研究生院统一组织招生、授课和学位授予，课程学习期间由研究生院实行全方位管理；课程结束后跟随导师进入培养单位开展课题研究，直至完成学位论文。本院依托全院资源办学，优良的科研设施设备、大量的前沿课题项目、充足的科研经费、丰富的图书文献资源、一流的导师队伍及广泛的国际合作交流等，为研究生开展学术研究、参与课题实践、锻炼创新能力提供了强大的科技支撑。
我院研究生教育自1978年改革开放恢复招生以来，已累计招收国内研究生2335人，其中博士生955人(含联合培养138人)、硕士生1380人；累计授予学位1655人，其中博士554人、硕士1101人。从1995年3月建立博士后科研流动站以来，共招收了396名博士后，其中331人已出站。作为全国水利系统主要接受中组部“西部之光”访问学者的培养单位，从2003年以来共接收了98名“西部之光”访问学者、9名少数民族“特培”学员和8名水利扶贫学员。从2018年获得国际学生招生资质、2019年招收第一批国际学生以来，共招收了19名留学生，其中已经授予博士学位1人、硕士学位1人。到2024年底，有在学人员共计655人，其中：在读国内研究生575人，包括硕士生270人、博士生305人（我院245人、与高校联合培养60人）；在站博士后65人；在读国际学生14人（均为博士生）；少数民族“特培”学员1人。
我院研究生的培养模式是坚持四个面向，围绕推动水利水电高质量发展、保障国家水安全的科技支撑需求，开展理论研究、技术研发和产品开发，积极构建服务先进实用水利科技支撑体系的人才教育模式。经过60余年的探索和发展，现已形成比较完整和富有特色的研究生教育体系，培养出的许多研究生已成为本学科研究领域的学术带头人或知名专家，不少已走上各级重要的领导岗位，或在国内外重要学术组织中担任要职，为我院科研事业不断开创新局面提供了重要的人才保障，也为我国水利水电事业的蓬勃发展以及水利科技行业的开拓创新做出了重要贡献。
